Verbesserungen an PATRIC, der all-bakteriellen Bioinformatik-Datenbank und Analyse-Ressourcenzentrum

Das Pathosystems Resource Integration Center (PATRIC) ist das bakterielle Bioinformatik-Ressourcenzentrum (https://www.patricbrc.org). Zu den jüngsten Änderungen an PATRIC gehören ein Redesign der Weboberfläche und einige neue Dienste, die den Nutzern eine Plattform bieten, die sie von Rohdaten zu einer integrierten Analyseerfahrung führt. Die neu gestaltete Oberfläche ermöglicht Forschern direkten Zugang zu Tools und Daten, und der Schwerpunkt hat sich auf benutzererstellte Genomgruppen verlagert, mit detaillierten Zusammenfassungen und Ansichten der Daten, die die Forscher ausgewählt haben. Vielleicht die größte Veränderung war die verbesserte Fähigkeit der Forscher, ihre privaten Daten zu analysieren und mit den verfügbaren öffentlichen Daten zu vergleichen. Forscher können ihre Rohseqenzen zusammenstellen und die Kontigs mit RASTtk annotieren. PATRIC bietet auch Dienstleistungen für RNA-Seq, Variationen, Modellrekonstruktion und differentialen Expressionsanalysen, die alle über einen aktualisierten privaten Arbeitsbereich bereitgestellt werden. Private Daten können durch 'virtuelle Integration' mit allen öffentlichen Daten von PATRIC verglichen werden. Die Anzahl der in PATRIC verfügbaren Genome für den Vergleich hat sich auf über 80.000 erhöht, mit einem besonderen Schwerpunkt auf Genomen mit Daten zu antimikrobieller Resistenz. PATRIC nutzt diese Daten, um sowohl die Annotation von Subsystemen als auch die k-mer-Klassifikation zu verbessern, und kennzeichnet neue Genome mit Signaturen, die auf Anfälligkeit oder Resistenz gegen spezifische Antibiotika hinweisen.