Auswahl von Haushaltsgenen zur Normalisierung der Echtzeit-RT-PCR in Kartoffeln während biotischen und abiotischen Stress

Pflanzenstressstudien basieren zunehmend auf der Genexpression. Die Analyse der Genexpression erfordert empfindliche, präzise und reproduzierbare Messungen für spezifische mRNA-Sequenzen. Die Echtzeit-RT-PCR ist derzeit die empfindlichste Methode zur Detektion von niederen mRNA-Abundanzen. Um Verzerrungen zu vermeiden, wird die Echtzeit-RT-PCR auf ein oder mehrere interne Kontrollgene verwiesen, die während der Behandlungen nicht schwanken sollten. Hier wurde die Nicht-Regulation von sieben Haushaltsgenen (Beta-Tubulin, Cyclophilin, Aktin, Elongationsfaktor 1-alpha (ef1alpha), 18S rRNA, Adenin-Phosphoribosyltransferase (aprt) und zytoplasmatisches ribosomales Protein L2) während biotischer (Spätfäule) und abiotischer Stress (Kälte- und Salzstress) an Kartoffelpflanzen mithilfe der geNorm-Software getestet. Die Ergebnisse aus den drei experimentellen Bedingungen zeigten, dass ef1alpha das stabilste der sieben getesteten Gene war. Die Expression der anderen getesteten Haushaltsgene variierte unter Stress. Parallel dazu wurde eine Studie zur Variabilität der Expression von hsp20.2 durchgeführt, die als an Stress durch Spätfäule beteiligt gilt. Die relative Quantifizierung des hsp20.2-Gens variierte je nach interne Kontrolle und der Anzahl der verwendeten internen Kontrollen, was die Bedeutung der Wahl der internen Kontrollen in solchen Experimenten unterstreicht.