Inferencia de filogenia e introgressión utilizando datos de RADseq: Un ejemplo de plantas con flores (Pedicularis: Orobanchaceae)

Las relaciones filogenéticas entre especies recientemente divergentes son a menudo difíciles de resolver debido a la señal filogenética insuficiente en los marcadores disponibles y/o conflictos entre los árboles genealógicos. Aquí exploramos el uso de la secuenciación genómica de representación reducida, específicamente en forma de ADN asociado a sitios de restricción (RAD), para la inferencia filogenética y la detección de hibridación ancestral en organismos no modelo. Como estudio de caso, investigamos la sección Cyathophora de Pedicularis, un clado sistemáticamente recalcitrante de plantas con flores en la familia broomrape (Orobanchaceae). Se aplicaron dos métodos de inferencia filogenética, máxima verosimilitud y concordancia bayesiana, a conjuntos de datos que incluyeron hasta 40,000 loci RAD. Ambos métodos produjeron topologías similares que incluían dos clados principales: un clado "rex-thamnophila", compuesto por dos especies y varias subespecies con diversidad floral relativamente baja y distribuciones geográficas amplias en altitudes más bajas, y un clado "superba", compuesto por tres especies caracterizadas por una diversidad floral relativamente alta y distribuciones geográficas aisladas en altitudes más altas. Los niveles de divergencia molecular entre subespecies en el clado rex-thamnophila son similares a los entre especies en el clado superba. Usando la prueba D-estadística de Patterson, que incluye una nueva extensión del método que permite una resolución más fina de la introgressión entre múltiples taxones candidatos al eliminar el efecto de su ascendencia compartida, detectamos una introgressión significativa entre casi todos los taxones en el clado rex-thamnophila, pero no entre clados o entre taxones dentro del clado superba. Estos resultados sugieren un papel importante para el aislamiento geográfico en la aparición de barreras entre especies, al facilitar la adaptación local y la diferenciación en ausencia de un flujo génico homogeneizador.