Key points are not available for this paper at this time.
على الرغم من أن مطابقات التسلسل المتعددة (MSAs) أساسية لمجموعة واسعة من التطبيقات من نمذجة البنية إلى التنبؤ بالمواقع الوظيفية، لا تزال بناء مطابقات دقيقة للبروتينات ذات الصلة البعيدة مشكلة كبيرة غير محلولة. تعتبر قاعدة البيانات المتزايدة بسرعة للهياكل المكانية مصدراً قيماً لتحسين جودة المطابقة. نستكشف استخدام المعلومات الهيكلية ثلاثية الأبعاد لتوجيه مطابقات التسلسل التي يتم إنشاؤها بواسطة برنامج MSA الخاص بنا PROMALS. الأداة الناتجة، PROMALS3D، تحدد تلقائيًا المتماثلات ذات الهياكل ثلاثية الأبعاد المعروفة للتسلسلات المدخلة، وتستمد قيودًا هيكلية من خلال المطابقات المستندة إلى الهيكل وتجمعها مع قيود التسلسل لإنشاء مطابقتات متعددة للتسلسل قائمة على الاتساق. الناتج هو مطابقة توافقية تجمع بين معلومات التسلسل والبنية حول البروتينات المدخلة ومتماثلاتها. يمكن أيضًا لـ PROMALS3D محاذاة تسلسلات عدة هياكل مدخلة، مع تمثيل الناتج لمطابقة متعددة مستندة إلى الهيكل تم تحسينها بالاستعانة بقيود التسلسل. ميزة PROMALS3D هي أنها توفر للباحثين وسيلة سهلة لإنتاج مطابقات عالية الجودة متسقة مع كل من تسلسلات وهياكل البروتينات. تتفوق PROMALS3D على عدد من الطرق الموجودة حاليًا لبناء المطابقات المتعددة للتسلسل أو الهيكل باستخدام كل من طرق التقييم المعتمدة على المرجع وغير المعتمدة على المرجع.
درس Pei وزملاؤه (الأربعاء) هذا السؤال.