الكشف عن الوحدات الوظيفية في شبكة تفاعل البروتينات في الخميرة

ملخص الدافع: يعد تحديد الوحدات الوظيفية في شبكات تفاعل البروتينات خطوة أولى لفهم تنظيم وديناميات وظائف الخلايا. لضمان أن الوحدات المحددة لها معنى بيولوجي، يجب أن تأخذ خوارزميات تقسيم الشبكة في الاعتبار ليس فقط الميزات الطوبولوجية ولكن أيضًا العلاقات الوظيفية، ويجب أن يتم التحقق من الوحدات المحددة بدقة. النتائج: في هذه الدراسة، نقوم أولاً بدمج بيانات البروتينات وبيانات المصفوفة الدقيقة ونمثل شبكة تفاعل البروتينات في الخميرة كرسمة موزونة. بعد ذلك، نوسع خوارزمية تقسيم قائمة على التوسط، ونستخدمها لتحديد 266 وحدة وظيفية في شبكة بروتين الخميرة. للتحقق، نوضح أن الوحدات الوظيفية مرتبطة بالفعل كثيفًا كرسوم فرعية. بالإضافة إلى ذلك، توفر الجينات في نفس الوحدة الوظيفية نمطًا ظاهريًا مشابهًا. علاوة على ذلك، تحتوي المجمعات البروتينية المعروفة إلى حد كبير على الوحدات الوظيفية بكاملها. نقوم أيضًا بتحليل مثال لوحدة وظيفية ونوضح أن الوحدات الوظيفية يمكن أن تكون مفيدة لتوصيف الجينات. الاتصال: yuan.33@osu.edu معلومات إضافية: البيانات الإضافية متاحة على الإنترنت في علم المعلومات الحيوية.