Proteinflexibilität bei Docking und Oberflächenkartierung

Die strukturbasierte Arzneimittelgestaltung ist zu einem wesentlichen Werkzeug für die schnelle Entdeckung und Optimierung von Leitstrukturen geworden. Mit dem Anstieg der verfügbaren strukturellen Informationen sind die Forscher sich zunehmend der Bedeutung der Proteinflexibilität für die genaue Beschreibung des nativen Zustands bewusst geworden. Typische Protein-Ligand-Dockingversuche beruhen immer noch auf einem einzigen starren Rezeptor, was eine unvollständige Darstellung der potenziellen Bindungskonformationen des Proteins ist. Diese starren Dockingversuche zeigen typischerweise die besten Leistungsraten zwischen 50 und 75 %, während vollständig flexible Dockingmethoden die Vorhersagegenauigkeit auf bis zu 80-95 % steigern können. Diese Übersicht untersucht die aktuellen Werkzeuge für flexibles Protein-Ligand-Docking und die Oberflächenkartierung von Rezeptoren. Aktuelle Einschränkungen und Möglichkeiten für die zukünftige Entwicklung werden erörtert.