综合GWAS和eQTL分析以解密猪的饲料效率和喂养行为的遗传机制

饲料是猪养殖中最大的成本。然而，喂养行为（FB）和饲料效率（FE）背后的遗传机制及其关系仍然了解不够。本研究旨在：(1) 识别与FB、FE和生产性状相关的遗传变异，同时提高基因组预测（GP）准确性；(2) 调查FB、FE和生产性状之间的关系；(3) 探索猪的饲料相关性状与人类健康性状之间的潜在联系。通过对6938个基因分型猪进行全基因组关联研究（GWAS），共鉴定出358个与28个饲料相关性状相关的主导SNP。此外，GP被应用于一个独立的后出生群体，以验证GWAS汇总统计量的可靠性。通过基于p值和连锁不平衡（LD）选择SNP，GP准确性平均提高了13.4%。此外，鉴定出一个位于SSC1:159,658,890–160,953,032的多效性QTL，影响FB、FE和生产性状。利用来自34个组织的顺式eQTL数据，识别了七个性状-组织-基因关联。此外，孟德尔随机化分析表明，单次访问的饲料摄入量与FE和平均日增重存在遗传相关性，晚间进食更多可能会降低瘦肉百分比。值得注意的是，遗传率富集分析显示，猪的饲养行为性状的GWAS信号在与人类脂肪摄入相关的基因组区域中显著富集。本研究确定了与FE、FB和生产性状相关的遗传变异，并阐明了它们的因果关系。这是首次阐明猪的饲养性状与人类性状之间的联系。这些见解对猪的分子育种及评估猪作为生物医学研究模型生物的适宜性至关重要.