Analyse des protéines en phase inverse : validation d'une nouvelle technologie protéomique et utilité pour l'analyse des échantillons de leucémie primaire et des cellules souches hématopoïétiques

La protéomique a le potentiel de fournir des réponses sur la pathogenèse du cancer et de diriger des thérapies ciblées grâce à l'analyse complète des niveaux d'expression des protéines et de leur état d'activation. La réalisation de ce potentiel nécessite le développement de nouvelles technologies rapides et à haut débit pour effectuer des analyses de protéines sur des échantillons de patients, ainsi que de nouvelles techniques analytiques pour les interpréter. Dans ce travail, nous décrivons la validation et la robustesse de l'utilisation des analyses de protéines en phase inverse (RPPA) pour l'analyse d'échantillons de leucémie myéloïde aiguë primaire ainsi que des cellules souches leucémiques et normales. Dans ce rapport, nous montrons que la précision de l'impression, de la détection, de l'amplification et de la coloration des matrices est très élevée, reproductible, et qu'elle corrèle avec les méthodes traditionnelles de Western blotting. En utilisant des répliques du même échantillon sur les mêmes et/ou différentes matrices, ou en utilisant des échantillons de protéines séparés préparés à partir du même échantillon de départ, la reproductibilité intra- et inter-matrice était extrêmement élevée. Aucune différence statistiquement significative dans les intensités de signal protéique n'a pu être détectée au sein des configurations de matrice. L'état d'activation (phosphorylation) a été maintenu dans des expériences testant le traitement et la préparation différés à partir de plusieurs échantillons congelés-déchirés. Des différences d'expression protéique ont pu être détectées de manière fiable avec aussi peu que trois équivalents de protéines cellulaires. RPPA préparées à partir de populations rares de cellules souches normales et leucémiques ont été réalisées avec succès et ont montré des différences par rapport aux populations cellulaires en vrac. Des exemples montrent comment les RPPA sont idéales pour l'analyse à grande échelle de l'identification de cibles, de la validation et de la découverte de médicaments. En résumé, RPPA est un système hautement fiable, reproductible et à haut débit qui permet une analyse protéomique rapide à grande échelle de l'expression protéique et de l'état de phosphorylation dans les cellules de leucémie myéloïde aiguë primaire, les lignées cellulaires et dans les cellules souches humaines.