Exploration de la microbiote buccale des enfants à divers stades de développement de leur dentition en relation avec leur santé buccale

Résumé Contexte Une compréhension de la relation entre la microbiote commensale et la santé est essentielle pour la prévention des maladies. Ici, nous avons étudié la composition microbienne buccale des enfants (N = 74, âgés de 3 à 18 ans) dans une transition naturelle de leur dentition lactéale à une dentition permanente et avons mis en relation les profils microbiens avec leur état de santé buccale. La composition microbienne de la salive a été évaluée par pyroséquençage par code-barres des régions hypervariables V5-V6 de l’ARNr 16 S, ainsi qu’en utilisant des microarrays phylogénétiques. Résultats Les lectures de pyroséquençage (126174 lectures, 1045 séquences uniques) représentaient 8 phylums et 113 taxons supérieurs dans les échantillons de salive. Quatre phylums - Firmicutes, Bacteroidetes, Proteobacteria et Actinobacteria - prédominaient dans tous les groupes. La dentition lactéale abritait une proportion plus élevée de Proteobacteria (Gammaproteobacteria, Moraxellaceae) par rapport aux Bacteroidetes, tandis que dans tous les autres groupes, les Bacteroidetes étaient au moins aussi abondants que les Proteobacteria. Les Bacteroidetes (principalement le genre Prevotella), la famille Veillonellaceae, les Spirochaetes et la division candidate TM7 augmentaient avec l’âge, reflétant la maturation du microbiome entraînée par des changements biologiques liés à l’âge. L'analyse par microarray a permis une analyse plus approfondie de la microbiote salivaire individuelle. Sur 350 sondes de microarray, 156 ont donné un signal positif avec, en moyenne, 77 (plage de 48 à 93) sondes par échantillon individuel. Un statut buccal sans carie était significativement associé à un signal plus élevé des sondes ciblant Porphyromonas catoniae et Neisseria flavescens. Conclusions Le rôle potentiel de P. catoniae et N. flavescens en tant que marqueurs de santé buccale devrait être évalué dans des études cliniques à grande échelle. La combinaison d’approches moléculaires ouvertes et ciblées nous fournit des informations qui accroîtront notre compréhension de l'interaction entre l'hôte humain et son microbiome.