Le paysage génomique de NF-κB dans les cellules B lymphoblastoïdes

Les sous-unités du facteur nucléaire κB (NF-κB) RelA, RelB, cRel, p50 et p52 sont chacune essentielles pour le développement et la fonction des cellules B. Afin de caractériser systématiquement leurs réponses à l'activité des voies NF-κB canonique et non canonique, nous avons réalisé une immunoprécipitation de la chromatine suivie d'une analyse de séquençage ADN à haut débit (ChIP-seq) dans des lignées cellulaires B lymphoblastoïdes (LCL). Nous avons trouvé un paysage complexe de liaison de NF-κB, qui ne reflétait pas facilement les deux paradigmes de la voie NF-κB. Au lieu de cela, 10 motifs de liaison de sous-unités ont été observés au niveau des promoteurs et 11 au niveau des amplificateurs. Près d'un tiers des sites de liaison de NF-κB manquaient de motifs κB et étaient plutôt enrichis de motifs alternatifs. La protéine oncogène FOXM1, membre de la boîte forkhead, co-occupait près de la moitié des sites de liaison de NF-κB et a été identifiée dans des complexes protéiques avec NF-κB sur l'ADN. La réduction de l'expression de FOXM1 a diminué l'expression des gènes cibles de NF-κB et a finalement induit l'apoptose, soulignant FOXM1 comme une cible létale synthétique dans la malignité des cellules B. Ces études fournissent une ressource pour comprendre les mécanismes sous-jacents à l'activité nucléaire de NF-κB et mettent en évidence les opportunités pour un blocage sélectif de NF-κB.