Une carte spatiotemporelle racinaire haute résolution révèle des motifs d'expression dominants

Les programmes transcriptionnels qui régulent le développement sont exquisément contrôlés dans l'espace et le temps. Élucider ces programmes qui sous-tendent le développement est essentiel pour comprendre l'acquisition de l'identité cellulaire et tissulaire. Nous présentons des profils d'expression microarray d'un ensemble haute résolution de points temporels de développement au sein d'une seule racine d'Arabidopsis et une carte complète de presque tous les types cellulaires de la racine. Ces signatures transcriptionnelles spécifiques aux types cellulaires prédisent souvent des fonctions cellulaires auparavant inconnues. Un pipeline computationnel a identifié des motifs d'expression dominants qui démontrent une similarité transcriptionnelle entre des types cellulaires disparates. Les motifs d'expression dominants le long de l'axe longitudinal de la racine ne corrèlent pas strictement avec les zones de développement auparavant définies, et dans de nombreux cas, nous avons observé des fluctuations d'expression le long de cet axe. Une co-régulation robuste de l'expression génique et un potentiel phasage de l'expression génique ont été identifiés entre les racines individuelles. Des méthodes qui combinent ces profils démontrent des programmes transcriptionnels riches et complexes qui définissent le développement de la racine d'Arabidopsis tant dans l'espace que dans le temps.