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초록 동기: PacBio 시퀀서는 두 가지 유형의 특성 리드(연속 긴 리드: 길고 높은 오류율 및 원형 합의 시퀀싱: 짧고 낮은 오류율)를 생성하며, 이는 모두 de novo 유전체 조립에 유용할 수 있습니다. 현재 PacBio 라이브러리의 특정 생성을 목표로 하는 시뮬레이터는 없습니다. 결과: 13개의 PacBio 데이터셋에 대한 분석에서 PacBio 리드의 특성적인 특징이 나타났습니다(예: PacBio 리드의 길이는 로그-정규 분포를 따릅니다). 우리는 이러한 특징을 모델 기반 또는 샘플링 기반 방법으로 캡처하는 리드 시뮬레이터 PBSIM을 개발했습니다. PBSIM을 사용하여 우리는 PacBio 리드에 대한 여러 하이브리드 오류 수정 및 조립 테스트를 수행했으며, 원형 합의 시퀀싱의 커버리지 깊이 30과 연속 긴 리드의 커버리지 깊이 15가 결합하여 광범위한 조립 결과를 달성했습니다. 가용성: PBSIM은 GNU GPL v2 라이센스 하에 웹에서 무료로 제공됩니다 (http://code.google.com/p/pbsim/). 연락처: mhamada@k.u-tokyo.ac.jp 추가 정보: 추가 데이터는 Bioinformatics 온라인에서 확인할 수 있습니다.
Ono et al. (Sun,)은 이 질문을 연구했습니다.