High prevalence of antimicrobial resistance mechanisms in a rural hospital in Ethiopia

To determine the prevalence of fecal carriage of antimicrobial resistance (AMR) genes in 40 pediatric inpatients managed in a rural hospital in Ethiopia (May–June 2024). We conducted a prospective study in 40 pediatric inpatients managed at Gambo Rural General Hospital, Oromia, Ethiopia (May–June 2024). Stool samples were collected to assess for intestinal carriage and screened using the Allplex™ Entero-DR multiplex PCR assay for genes associated with carbapenemase-producing Enterobacterales (CPE), extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing Enterobacterales, and vancomycin-resistant Enterococcus (VRE). We collected data on demographic and clinical characteristics and antibiotic exposure. The statistical analysis included the Mann-Whitney U and Fisher’s exact tests. Fecal carriage of AMR genes was detected in 82.5% of patients. The most prevalent resistance mechanism was CTX-M (80.0%), followed by NDM (37.5%), vanA (32.5%), and VIM (10.0%). Testing did not detect KPC, OXA-48, IMP, or vanB genes. Malnutrition was present in 65% of the patients. There were no statistically significant differences in clinical outcomes (length of stay, severity) between patients with and without AMR genes ( P > .05 in all comparisons; limited by the sample size of n = 40). Severe chronic malnutrition was less frequent among carbapenemase carriers (12.5% vs 62.5%; P = .033). This exploratory finding should be interpreted with extreme caution due to multiple testing, low statistical power ( n = 40), and potential sources of bias including altered gut microbiota, reduced health care exposure among severely malnourished children, or chance. These observations only describe colonization patterns and cannot be used to infer causality. We found a high prevalence of fecal carriage of AMR genes in stool samples from pediatric inpatients in this hospital in rural Ethiopia, underscoring the need for enhanced surveillance, stewardship, and infection control measures in resource-limited settings. Determinar la prevalencia de la presencia en heces de genes de resistencia a los antimicrobianos (RAM) en 40 niños ingresados en un hospital rural de Etiopía (mayo-junio de 2024). Estudio prospectivo con participación de 40 pacientes pediátricos ingresados en el Hospital General Rural de Gambo (Oromia, Etiopía) entre mayo y junio de 2024. Se recogieron muestras de heces para evaluar el estado de portador intestinal y se analizaron mediante el ensayo de PCR multiplex Allplex™ Entero-DR para detectar genes asociados a Enterobacterales productoras de carbapenemasas (EPC) y de beta-lactamasas de espectro extendido (BLEE), así como a Enterococcus resistente a la vancomicina (ERV). Se recogieron datos sobre las características demográficas y clínicas de los pacientes y del antecedente de exposición a antibióticos. En el análisis estadístico se utilizaron la prueba U de Mann-Whitney y el test exacto de Fisher. Se detectó la presencia de genes de RAM en las heces del 82,5% de los pacientes. El mecanismo de resistencia más frecuente fue CTX-M (80,0 %), seguido de NDM (37,5 %), vanA (32,5 %) y VIM (10,0 %). No se detectaron genes KPC, OXA-48, IMP ni vanB. El 65% de los pacientes presentaba desnutrición. No hubo diferencias significativas en la evolución clínica (duración de la estancia hospitalaria, gravedad) según la presencia o ausencia de genes de RAM ( p > 0,05 en todas las comparaciones; limitado por el tamaño muestral de n = 40). La desnutrición crónica grave fue menos frecuente entre los portadores de carbapenemasas (12,5% vs. 62,5%; p = 0,033). Este hallazgo preliminar debe interpretarse con extrema cautela debido a la realización de pruebas múltiples, la escasa potencia estadística (n = 40) y las potenciales fuentes de sesgo, entre las que se incluyen la alteración de la microbiota intestinal, el menor contacto con servicios de salud entre los niños con desnutrición grave, o el azar. Los datos presentados solo describen patrones de colonización y no pueden utilizarse para inferir una relación causal. Se observó una prevalencia elevada de genes de resistencia a los antimicrobianos en muestras de heces de los pacientes pediátricos ingresados en este hospital rural en Etiopía, lo que pone de relieve la necesidad de reforzar las medidas de vigilancia, de optimización del uso de antimicrobianos, y de gestión y control de infecciones en entornos con recursos limitados.