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Die Unterschiede zwischen drei verschiedenen Verbindungenklassen, Naturstoffen, Molekülen aus kombinatorischer Synthese und Arzneimittel-Molekülen, wurden untersucht. Die wesentlichen strukturellen Unterschiede zwischen natürlichen und kombinatorischen Verbindungen stammen hauptsächlich von Eigenschaften, die eingeführt wurden, um die kombinatorische Synthese effizienter zu gestalten. Dazu gehören die Anzahl der chiralen Zentren, die Häufigkeit aromatischer Ringe, die Einführung komplexer Ringsysteme sowie der Grad der Sättigung des Moleküls und die Anzahl und Verhältnisse verschiedener Heteroatome. Da Arzneimittel-Moleküle sowohl aus natürlichen als auch aus synthetischen Quellen stammen, decken sie einen gemeinsamen Bereich im Eigenschaftsraum natürlicher und kombinatorischer Verbindungen ab. Ein auf PCA basierendes Schema wird vorgestellt, das die drei Klassen von Verbindungen unterscheidet. Es wird vorgeschlagen, dass durch das Nachahmen bestimmter Verteilungsmerkmale natürlicher Verbindungen kombinatorische Produkte geschaffen werden könnten, die erheblich vielfältiger sind und eine größere biologische Relevanz aufweisen.
Fehér et al. (Wed,) haben diese Frage untersucht.