基于通路的蛋白质翻译后修饰计算分析方法

蛋白质功能受到翻译后修饰（PTM）的动态调控。如今，利用质谱技术可以大规模鉴定和定量多种不同类型的 PTM。众所周知，许多 PTM 都会对蛋白质功能和细胞过程产生影响，因此不应孤立地研究它们，而应将它们置于细胞通路的整体背景中进行考察。各种计算方法的不断涌现极大地促进了这一研究。本综述旨在系统概述用于 PTM 数据通路中心化分析的工具，并对该研究领域的现状进行批判性评估。我们从构成基础先验知识的数据库出发，遵循分析工作流程可能包含的典型步骤，包括通路富集分析、通路重建算法，以及结果的整合与可视化。随后，我们反思了所有现有工具的普遍局限性，并对我们认为当前最迫切的未来发展方向提出了见解。