GENEVESTIGATOR. Base de données et boîte à outils d'analyse de microarrays d'Arabidopsis

L'analyse de l'expression génique à haut débit est devenue un outil de recherche fréquent et puissant en biologie. Cependant, à l'heure actuelle, peu d'applications logicielles ont été développées pour permettre aux biologistes de consulter de grandes bases de données d'expression génique par microarray via une interface de navigateur Web. Nous présentons GENEVESTIGATOR, une base de données et une interface de fouille de données via navigateur Web pour les données Affymetrix GeneChip. Les utilisateurs peuvent interroger la base de données pour récupérer les motifs d'expression de gènes individuels dans des conditions environnementales choisies, des stades de croissance ou des organes. Réciproquement, les outils de fouille permettent aux utilisateurs d'identifier les gènes exprimés spécifiquement durant des stress sélectionnés, des stades de croissance ou dans des organes particuliers. En utilisant GENEVESTIGATOR, les profils d'expression génique de plus de 22 000 gènes d'Arabidopsis peuvent être obtenus, y compris ceux de 10 600 gènes actuellement non caractérisés. L'objectif de cette application logicielle est de diriger la découverte fonctionnelle des gènes et la conception de nouvelles expériences en fournissant aux biologistes des informations contextuelles sur l'expression des gènes. La base de données et la boîte à outils d'analyse sont disponibles en tant que ressource communautaire à l'adresse https://www.genevestigator.ethz.ch.