Annotation des enzymes dans UniProtKB utilisant Rhea

Motivation de l'abstract Fournir une annotation enzymatique de haute qualité et calculable dans UniProtKB en utilisant Rhea, une base de connaissances complète et expert-éditée des réactions biochimiques qui décrit les participants aux réactions en utilisant l'ontologie ChEBI (Entités Chimiques d'Intérêt Biologique). Résultats Nous avons remplacé les descriptions textuelles existantes des réactions biochimiques dans UniProtKB par leurs équivalents de Rhea, qui est désormais la norme pour l'annotation des réactions enzymatiques dans UniProtKB. Nous avons développé des fonctionnalités de recherche et de requête améliorées pour le site Web d'UniProt, l'API REST et le point d'extrémité SPARQL qui tirent parti des données de structure chimique, de nomenclature et de classification fournies par Rhea et ChEBI. Disponibilité et mise en œuvre UniProtKB à https://www.uniprot.org ; API REST d'UniProt à https://www.uniprot.org/help/api ; point d'extrémité SPARQL d'UniProt à https://sparql.uniprot.org/ ; Rhea à https://www.rhea-db.org.