تنبؤ مواقع ارتباط الحمض النووي RNA في البروتينات من تسلسل الأحماض الأمينية

تُعد تفاعلات الحمض النووي RNA والبروتينات مهمة جدًا في مجموعة واسعة من العمليات البيولوجية، بما في ذلك تنظيم التعبير الجيني، تخليق البروتين، وتكرار وتجميع العديد من الفيروسات. لقد طورنا أداة حسابية للتنبؤ بالأحماض الأمينية في بروتينات ارتباط الحمض النووي RNA التي تشارك في تفاعلات الحمض النووي RNA والبروتينات، باستخدام تسلسل البروتين فقط كمدخل. تم تطوير RNABindR باستخدام التعلم الآلي على مجموعة بيانات غير متكررة تم التحقق من صحتها تحتوي على واجهات من مجمعات الحمض النووي RNA والبروتينات المعروفة في بنك بيانات البروتين. ينتج مصنفًا يلتقط إشارات التسلسل الأساسية الكافية للتنبؤ بالأحماض الأمينية في بروتين معين الموجودة في واجهة الحمض النووي RNA والبروتين. في تجارب التحقق المتصالب التي يتم فيها ترك عينة واحدة، يحدد RNABindR بقايا الواجهة بدقة إجمالية تزيد عن 85%. يمكن معايرته من قبل المستخدم للحصول على إما خصوصية عالية أو حساسية عالية لبقايا الواجهة. يقدم RNABindR، الذي ينفذ مصنف بايز الساذج، أداءً مماثلًا لمصنف الشبكة العصبية الأكثر تعقيدًا (حسب علمنا، فإن الطريقة الوحيدة المنشورة السابقة المعتمدة على التسلسل لتنبؤ مواقع ارتباط الحمض النووي RNA) ويقدم مزايا السرعة، البساطة وقابلية تفسير النتائج. تتفق توقعات RNABindR على بروتين تيلوميراز الإنسان hTERT مع البيانات التجريبية. يجب أن تسهل توفر الأدوات الحسابية للتنبؤ بالمخلفات في بروتينات ارتباط الحمض النووي RNA التي من المرجح أن تتصل بالحمض النووي RNA تصميم التجارب لاختبار وظيفة ارتباط الحمض النووي مباشرة والمساهمة في فهمنا للتنوع، الآليات، وتنظيم المجمعات بين الحمض النووي RNA والبروتينات في الأنظمة البيولوجية. (RNABindR متاح كأداة ويب من http://bindr.gdcb.iastate.edu.).