GRSDB2 und GRSUTRdb: Datenbanken von Quadruplex bildenden G-reichen Sequenzen in prä-mRNAs und mRNAs

G-Quadruplex-Motive in der RNA spielen eine bedeutende Rolle in wichtigen zellulären Prozessen und menschlichen Krankheiten. Während Sequenzen, die in der Lage sind, G-Quadruplexe in der prä-mRNA zu bilden, an der Regulation von Polyadenylierung und Spleißereignissen in Säugetiertranskripten beteiligt sind, könnten die G-Quadruplex-Motive in den UTRs helfen, die mRNA-Expression zu regulieren. GRSDB2 ist eine Datenbank der zweiten Generation, die Informationen über die Zusammensetzung und Verteilung von mutmaßlichen Quadruplex-bildenden G-reichen Sequenzen (QGRS) enthält, die in etwa 29.000 eukaryotischen prä-mRNA-Sequenzen kartiert sind, von denen viele alternativ verarbeitet werden. Die in GRSDB2 gespeicherten Daten basieren auf der computergestützten Analyse von NCBI Entrez-Gene-Einträgen mit Hilfe einer verbesserten Version des QGRS Mapper-Programms. Die Datenbank ermöglicht komplexe Abfragen mit einer Vielzahl von Parametern, einschließlich Genontologietermini. Die Daten werden in verschiedenen Formaten mit mehreren zusätzlichen rechnerischen Möglichkeiten angezeigt. Wir haben auch eine neue Datenbank, GRSUTRdb, entwickelt, die Informationen über die Zusammensetzung und Verteilungsmuster von mutmaßlichen QGRS in den 5'- und 3'-UTRs eukaryotischer mRNA-Sequenzen enthält. Das Ziel dieser Experimente war es, frei zugängliche Ressourcen zu schaffen, um die Rolle der G-Quadruplex-Struktur in der Regulation der Genexpression auf post-transkriptioneller Ebene zu erforschen. Die Datenbanken sind über die G-Quadruplex-Ressourcenseite zugänglich unter: http: //bioinformatics. ramapo. edu/GQRS/.