DIALIGN 2 : amélioration de l'approche segment-à-segment pour l'alignement de séquences multiples.

MOTIVATION : La performance et la complexité temporelle d'une version améliorée de l'approche segment-à-segment pour l'alignement de séquences multiples sont discutées. Dans cette approche, les alignements sont composés de paires de segments sans espace, et le score d'un alignement est défini comme la somme des soi-disant poids de ces paires de segments. RÉSULTATS : Une modification de la fonction de poids utilisée dans la version originale du programme d'alignement DIALIGN présente deux avantages importants : elle peut être appliquée à des ensembles de séquences globalement et localement liés, et le temps d'exécution du programme est considérablement amélioré. La complexité temporelle de l'algorithme est discutée théoriquement, et le temps d'exécution du programme est rapporté pour divers exemples de test. DISPONIBILITÉ : Le programme est disponible en ligne sur le serveur de bioinformatique de l'Université de Bielefeld (BiBiServ) http://bibiserv.TechFak.Uni-Bielefeld.DE/dial ign/