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Die dreidimensionale Struktur des alpha 2 beta 2 Komplexes der Tryptophan-Synthase von Salmonella typhimurium wurde durch Röntgenkristallographie mit einer Auflösung von 2,5 Å bestimmt. Die vier Polypeptidketten sind nahezu linear in einer alpha beta beta alpha Anordnung angeordnet und bilden einen 150 Å langen Komplex. Die Gesamt-Faltung des Polypeptids der kleineren alpha-Untereinheit, die Indol-Glycerol-Phosphat spaltet, ist die eines 8-fachen alpha/beta-Fasses. Die aktive Stelle der alpha-Untereinheit wurde durch Differenz-Fourieranalyse der Bindung von Indol-Propanol-Phosphat, einem kompetitiven Inhibitor der alpha-Untereinheit und einem nahen strukturellen Analog des natürlichen Substrats, lokalisiert. Die größere beta-Untereinheit, die von Pyridoxalphosphat abhängig ist, enthält zwei nahezu gleich große Domänen, die in ähnliche Helix/Blatt/Helix-Strukturen gefaltet sind. Die Bindungsstelle für das Coenzym Pyridoxalphosphat liegt tief innerhalb der Schnittstelle zwischen den beiden beta-Untereinheitsdomänen. Die aktiven Stellen benachbarter alpha- und beta-Untereinheiten sind durch einen Abstand von etwa 25 Å voneinander getrennt. Ein Tunnel mit einem Durchmesser, der dem des intermediären Substrats Indol entspricht, verbindet diese aktiven Stellen. Man glaubt, dass der Tunnel die Diffusion von Indol von seinem Produktionsort in der aktiven Stelle der alpha-Untereinheit zum Ort der Tryptophan-Synthese in der beta aktiven Stelle erleichtert und dadurch sein Entweichen in das Lösungsmittel während der Katalyse verhindert.
Hyde et al. (Di.,) untersuchten diese Frage.