Analyse de la communauté fongique par séquençage à grande échelle d'échantillons environnementaux

Les champignons sont un composant important et diversifié des communautés de sol, mais ces communautés se sont révélées difficiles à étudier lors d'enquêtes biotiques conventionnelles. Nous avons évalué la diversité fongique du sol à deux sites dans une forêt tempérée en utilisant l'isolement direct des gènes de l'ARNr de petite sous-unité et de l'espace transcrit interne (ITS) par PCR et le séquençage à haut débit de fragments clonés. Nous avons identifié 412 types de séquences à partir de 863 séquences ITS fongiques, ainsi que 112 séquences ITS d'autres microorganismes eucaryotes. Des proportions égales de séquences de Basidiomycota et d'Ascomycota étaient présentes dans les bibliothèques ITS et de petite sous-unité, tandis que des membres d'autres phylums fongiques ont été récupérés à des fréquences beaucoup plus faibles. De nombreuses séquences correspondaient étroitement à des séquences provenant de champignons mycorhiziens, phytopathogènes et saprophytes. Des différences de composition ont été observées parmi les échantillons de différentes profondeurs de sol, les espèces mycorhiziennes prévalant plus profondément dans le profil du sol et les espèces saprophytes prédominant dans la couche de litière. La richesse était systématiquement la plus basse dans les échantillons du profil de sol le plus profond. Des niveaux comparables de richesse fongique ont été observés après des collectes et cultures basées sur des spécimens traditionnels, mais seulement après un échantillonnage beaucoup plus étendu. Le taux élevé auquel de nouveaux types de séquences ont été récupérés même après l'échantillonnage de 863 séquences ITS fongiques et la dominance des champignons dans nos bibliothèques par rapport à d'autres eucaryotes suggèrent que l'abondance et la diversité des champignons dans les sols forestiers pourraient être beaucoup plus élevées que précédemment hypothétisé. Toutes les séquences ont été déposées dans GenBank, avec des numéros d'accès AY 969316 à AY 970290 pour les séquences ITS et AY 969135 à AY 969315 pour les séquences SSU.