Taxonomia polifásica, uma abordagem de consenso para a sistemática bacteriana.

Nos últimos 25 anos, uma gama muito mais ampla de estudos taxonômicos de bactérias gradualmente substituiu a antiga dependência da caracterização morfológica, fisiológica e bioquímica. Essa taxonomia polifásica leva em conta todos os dados fenotípicos e genotípicos disponíveis e os integra em um tipo de classificação de consenso, enquadrada em uma filogenia geral derivada da análise de sequência do rRNA 16S. Em alguns casos, a classificação de consenso é um compromisso que contém um mínimo de contradições. Acredita-se que quanto mais parâmetros estiverem disponíveis no futuro, mais a classificação polifásica ganhará estabilidade. Nesta revisão, a prática da taxonomia polifásica é discutida para quatro grupos de bactérias escolhidos por sua relevância, complexidade ou ambos: os gêneros Xanthomonas e Campylobacter, as bactérias ácido-láticas e a família Comamonadaceae. Uma avaliação de nossos insights atuais, as conclusões derivadas disso e as perspectivas da taxonomia polifásica são discutidas, enfatizando o papel fundamental da espécie. Os taxonomistas não conseguiram padronizar a delimitação de espécies utilizando valores percentuais de hibridação de DNA. Juntamente com a ausência de outro "padrão ouro" para definição de espécies, isso tem uma enorme repercussão na taxonomia bacteriana. Esse problema é enfrentado na taxonomia polifásica, que não depende de uma teoria, uma hipótese ou um conjunto de regras, apresentando uma abordagem pragmática para um tipo de taxonomia de consenso, integrando todos os dados disponíveis ao máximo. No futuro, a taxonomia polifásica terá que lidar com (i) enormes quantidades de dados, (ii) grandes números de cepas e (iii) fusão de dados (agregação de dados), o que exigirá armazenamento de dados eficiente e centralizado. No futuro, estudos taxonômicos exigirã esforços colaborativos de laboratórios especializados ainda mais do que é o caso agora. Se esses desenvolvimentos futuros garantirão uma classificação de consenso mais estável continua sendo uma questão em aberto.