Nahezu alle Einzelbasensubstitutionen in DNA-Fragmenten, die an eine GC-Klammer gebunden sind, können durch denaturierende Gradientengelelektrophorese nachgewiesen werden

Duplex-DNA-Fragmenten, die sich durch Einzelbasensubstitutionen unterscheiden, können durch Elektrophorese in denaturierenden Gradientengelelektrophorese getrennt werden, jedoch führen nur Substitutionen in einem eingeschränkten Teil des Moleküls zu einer Trennung (1). Um dieses Problem zu umgehen, haben wir gezeigt, dass die Schmelzeigenschaften und das elektrophoretische Verhalten eines 135 Basenpaare langen DNA-Fragmentes, das einen Beta-Globin-Promoter enthält, durch das Anbringen einer GC-reichen Sequenz, genannt 'GC-Klammer' (2), verändert werden. Wir sagten voraus, dass diese Veränderungen es möglich machen sollten, die meisten, wenn nicht alle, Einzelbasensubstitutionen innerhalb der an die Klammer gebundenen Fragmente zu lösen. Um diese Möglichkeit zu testen, untersuchten wir den Effekt mehrerer unterschiedlicher Einzelbasensubstitutionen auf das elektrophoretische Verhalten des Beta-Globin-Promoter-Fragmentes in denaturierenden Gradientengele. Wir stellen fest, dass die GC-Klammer die Trennung von Fragmenten ermöglicht, die Substitutionen im gesamten Promoter-Fragment enthalten. Viele dieser Substitutionen führen nicht zu einer Trennung, wenn das Fragment nicht an die Klammer gebunden ist. Theoretische Berechnungen und Analysen einer großen Anzahl von verschiedenen Mutationen deuten darauf hin, dass etwa 95 % aller möglichen Einzelbasensubstitutionen separierbar sein sollten, wenn sie an eine GC-Klammer gebunden sind.