Détermination de la diversité microbienne dans des échantillons environnementaux : pièges de l'analyse de l'ARNr basée sur la PCR

Après près de 10 ans d'analyse basée sur la PCR des ARN ribosomiques de petite sous-unité prokaryotiques pour des études écologiques, il semble nécessaire de résumer les pièges rapportés de cette approche qui conduiront très probablement à une description erronée de la diversité microbienne d'un habitat donné. L'article suivant abordera des aspects spécifiques de la collecte d'échantillons, de la lyse cellulaire, de l'extraction des acides nucléiques, de l'amplification par PCR, de la séparation de l'ADN amplifié, de l'application de sondes nucléiques et de l'analyse des données.