SCOPe：蛋白质结构分类中的手动整理和伪影去除 – 扩展数据库

SCOPe（蛋白质结构分类—扩展，http://scop.berkeley.edu）是一个蛋白质结构之间关系的数据库，它扩展了蛋白质结构分类（SCOP）数据库。SCOP是一个专家策划的层次结构，按照结构和进化关系对已知结构的大多数蛋白质的域进行排序。SCOPe对自2009年SCOP开发结束以来发布的大多数蛋白质结构进行了分类，使用手动整理和高度精确的自动化工具的结合，旨在具有与完全手动整理的SCOP版本相同的准确性。SCOPe还整合并更新了ASTRAL汇编，提供多个数据库和工具，以帮助分析在SCOPe中分类的蛋白质的序列和结构。SCOPe继续对新的超家族进行高质量的手动分类，这是SCOP的一个关键特征。伪影如表达标签现在被分离到自己的类别中，以便将它们与SCOPe层次结构中其余部分的同源性注释区分开。SCOPe 2.06包含77,439个蛋白质数据银行条目，是SCOP中38,221个结构的两倍。• SCOPe是SCOP（版本1）数据库的向后兼容的扩展。• SCOPe 2.06包括126个不在SCOP中的Pfam家族的手动整理结构。• SCOPe 2.06将克隆伪影与其余的蛋白质结构分开。• SCOPe现在包含的结构数量是SCOP的两倍。