在活性位点中应用能量最小化进行HIV-1蛋白酶抑制剂的先验活性预测

我们观察到HIV-1蛋白酶抑制剂复合物计算得出的分子间相互作用能量（Einter）与观察到的体外酶抑制之间存在高度相关性。我们使用了一组包含P1'和P2'位点修改的33个抑制剂作为训练集，开发了一个回归方程，该方程关联了Einter和pIC50。随后，这个相关性被用于成功预测提出的HIV-1蛋白酶抑制剂在合成之前的活性，作为一种基于结构的设计程序。这包括了一个前体，47，作为当前II期临床候选药物L-735,524 (51)的基础。讨论了该相关性的开发、应用及局限性，并描述了本研究中使用的力场（MM2X）和宿主分子力学程序（OPTIMOL）。