대장균에서 RNomics가 새로운 sRNA 종을 감지하고 박테리아에서 병렬 전사 출력을 나타낸다.

최근 생물정보학을 이용한 검색을 통해 대장균의 간섭 유전자 영역에서 많은 새로운 소형 RNA (sRNA)가 발견되었습니다. 여기에서는 샷건 클로닝 접근법(RNomics)을 사용하여 소형 RNA의 cDNA 라이브러리를 생성하였습니다. 알려진 여러 sRNA 외에도 이전에 예측되지 않은 새로운 종을 발견하였습니다. 현재 작업은 대장균의 sRNA 수를 62로 늘립니다. 실험적 전사 시작 위치 매핑 결과 일부 sRNA는 독립된 유전자로부터 인코딩되었고, 다른 sRNA는 mRNA 리더 또는 트레일러에서 가공된 것으로 나타났으며, 이는 sRNA가 mRNA와 함께 발현되는 병렬 전사 출력을 생성함을 나타냅니다. 이 RNA 중 두 개(SroA 및 SroG)는 알려진(THI 및 RFN) 리보스위치 요소로 구성되어 있습니다. 또한 최근 발견된 두 개의 sRNA(RyeB 및 SraC/RyeA)가 상호작용하여 RNase III 의존적 절단을 초래함을 보여줍니다. 우리의 지식으로는, 이는 두 비코딩 RNA가 가정된 안티센스 메커니즘에 의해 상호작용하는 첫 사례를 나타냅니다. 또한, 이전 스크리닝에서 나온 sRNA를 포함한 sRNA의 세포내 대사 안정성도 결정되었습니다. 광범위한 반감기(32분)는 sRNA가 일반적으로 대사적으로 안정하다고 가정될 수 없음을 나타냅니다. 여기에서 분석된 sRNA의 실험적 특성화는 sRNA의 정의가 이전에 가정된 것보다 더 복잡함을 제안합니다.