Key points are not available for this paper at this time.
ملخص البحث: RDP3 هو إصدار جديد من برنامج RDP لتوصيف أحداث إعادة التركيب في محاذاة تسلسل الحمض النووي. من بين الابتكارات الأخرى، يتضمن هذا الإصدار أربع طرق جديدة لتحليل إعادة التركيب (3SEQ، VISRD، PHYLRO وLDHAT)، اختبارات جديدة لنقاط إعادة التركيب الساخنة، مجموعة من طرق المصفوفات لتصور الأنماط العامة لإعادة التركيب داخل مجموعات البيانات وإعادة بناء تسلسل الأجداد مع الوعي بإعادة التركيب. بالإضافة إلى درجة عالية من أتمتة تدفق التحليل، يحتوي RDP3 أيضًا على واجهة مستخدم رسومية تفاعلية ومفصلة للغاية تمكن من مراجعة النتائج بشكل يدوي مع مجموعة واسعة من طرق بناء الشجرة النشوية الجديدة التي تم تنفيذها مؤخرًا وطرق تصور إشارة إعادة التركيب المستندة إلى المصفوفات. يمكن للإصدار الجديد RDP3 استيعاب مجموعات بيانات كبيرة وقادر على تحليل المحاذاة التي تتراوح أحجامها من 1000×10 كيلوباز من التسلسلات إلى 20×2 ميجاباز من التسلسلات في غضون 48 ساعة على جهاز كمبيوتر مكتبي. التوفر: RDP3 متاح مجانًا من موقعه على الويب http://darwin.uvigo.es/rdp/rdp.html التواصل: darrenpatrickmartin@gmail.com معلومات إضافية: تحتوي كتيب برنامج RDP3 على أوصاف مفصلة للطرق المختلفة التي ينفذها ودليل خطوة بخطوة يصف كيفية استخدام هذه الطرق بأفضل شكل.
قام مارتن وزملاؤه (الخميس) بدراسة هذا السؤال.