Spidey: Uma Ferramenta para Alinhamentos de mRNA ao Genoma

Desenvolvemos um programa de computador que alinha sequências em splicing a sequências genômicas, utilizando algoritmos de alinhamento local e heurísticas para montar um alinhamento global em splicing. O Spidey pode produzir alinhamentos confiáveis rapidamente, mesmo quando confrontado com ruído de splicing alternativo, polimorfismos, erros de sequenciamento ou divergência evolutiva. Mostramos como o Spidey foi utilizado para alinhar sequências de referência a sequências genômicas conhecidas e, em seguida, ao rascunho do genoma humano, para alinhar mRNAs a grupos de genes, e para alinhar mRNAs de camundongos à sequência genômica humana. Comparamos o Spidey a outros dois programas de alinhamento em splicing; o Spidey geralmente teve um desempenho bastante bom em um tempo razoável.