Détermination de la qualité et de la complexité des données de séquençage de nouvelle génération sans génome de référence

Nous décrivons un package kPAL open-source qui facilite une évaluation sans alignement de la qualité et de la comparabilité des ensembles de données de séquençage en analysant les fréquences de k-mers. Nous montrons que kPAL peut détecter des artefacts techniques tels que des taux de duplication élevés, des chimères de bibliothèque, de la contamination et des différences dans les protocoles de préparation de bibliothèque. kPAL capture également avec succès la complexité et la diversité des microbiomes et fournit un moyen puissant d'étudier les changements dans les communautés microbiennes. Ensemble, ces caractéristiques font de kPAL un outil attrayant et largement applicable pour déterminer la qualité et la comparabilité des bibliothèques de séquences même en l'absence d'une séquence de référence. kPAL est disponible gratuitement sur https://github.com/LUMC/kPAL webcite.