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Das CRISPR/Cas- oder Cas9/Guide-RNA-System ist ein neu entwickeltes, leicht zu konstruierendes und hochwirksames Werkzeug für die Zielgenbearbeitung; es hat erhebliche Off-Target-Effekte in kultivierten menschlichen Zellen und in mehreren Organismen. Allerdings ist die Cas9/Guide-RNA-Zielregion zu kurz, damit bestehende Alignierungswerkzeuge potenzielle Off-Target-Stellen umfassend und effektiv identifizieren können. CasOT ist ein lokales Tool, das entwickelt wurde, um potenzielle Off-Target-Stellen in einem beliebigen Genome oder von Benutzern bereitgestellten Sequenzen zu finden, mit benutzerspezifizierten Typen von protospacer adjacent motifs und der Anzahl von Fehlanpassungen, die in den Seed- und Non-Seed-Regionen erlaubt sind. VERFÜGBARKEIT: http://eendb.zfgenetics.org/casot/ KONTAKT: zfgenetics@gmail.com oder bzhang@pku.edu.cn Ergänzende Informationen: Ergänzende Daten sind online unter Bioinformatics verfügbar.
Xiao et al. (Thu,) haben diese Frage untersucht.
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