توزيع وتطور خصائص التسلسل في جينوم الإشريكية القولونية

يتوافق متوسط تركيبة (G + C) (51.0٪) والانحراف المعياري (+/- 3.8٪) لتسلسلات الحمض النووي المنشورة التي تمثل 10٪ من جينوم الإشريكية القولونية بشكل ممتاز مع التوزيع العام الرئيسي الذي تحدده الذوبان عالي الدقة. بينما تكون الفروقات في خصائص القواعد والجوار صغيرة وموحدة في جميع مناطق الجينوم، وُجد أن محتوى (G + C) للتسلسلات يتغير بطريقة مجزأة ضمن حدود تتوافق مع المناطق المشفرة (53٪ G + C) وغير المشفرة (46٪ G + C)؛ مع كون التباينات في الحقول الأخيرة ستة أضعاف أكبر من تلك الموجودة في المناطق المشفرة. تظهر التباينات في المناطق المختلفة اعتمادًا سلبيًا قويًا على محتوى (G + C) في المنطقة، مما يعكس الشرط الذي تفضل فيه أزواج القواعد A-T و G-C الجوار من أزواج القواعد A-T و C-G، على التوالي؛ مع زيادة الانحياز مع انخفاض محتوى (G + C). تشير تحليلات الجوار إلى أن أقصى حالات الانحياز الإيجابي تحدث في AA وTT وGC وCG في جميع المناطق، ولكن بشكل خاص في المناطق غير المشفرة. تعتبر أعداد استثنائية من سلاسل الأليغوميرات من (A)n، وما إلى ذلك، نتيجة إضافية لهذا الانحياز. تشير هذه الخصائص وغيرها إلى وجود انحيازات متأصلة في ترددات الجوار التي تُفرض خلال النسخ أو الإصلاح، والتي تعكس بدورها تأثيرات الجوار خلال الطفرات. يُعتبر الانحياز في استخدام الكودونات الذي لاحظه غرانثام وآخرون هنا جزءًا منه ناتجًا عن تكيف التسلسلات المشفرة مع هذا البيئة الدقيقة من خلال الاختيار بين الكودونات المتطابقة للحفاظ على انحيازات الجوار المتأصلة.