Alineación de las secuencias de la región U3 de los virus C de tipo mamífero: identificación de motivos altamente conservados y implicaciones para el diseño de potenciadores

Alineamos secuencias publicadas para la región U3 de 35 retrovirus C de mamíferos. La alineación revela que ciertos motivos de secuencia dentro de la región U3 son notablemente conservados. Varios de estos motivos corresponden a sitios identificados previamente. En particular, encontramos que la región potenciadora de la mayoría de los virus examinados contiene un sitio de unión para el factor b del virus de la leucemia, un elemento similar a un núcleo vírico, el motivo consenso para el factor nuclear 1 y el elemento de respuesta a glucocorticoides. La mayoría de los virus que contienen más de una copia de secuencias potenciadoras incluyen estos sitios de unión en ambas copias de la repetición. Consideramos que este conjunto de sitios de unión constituye un marco para los potenciadores de este conjunto de virus. Otros motivos altamente conservados en la región U3 incluyen la secuencia de repetición invertida del retrovirus, un elemento regulador negativo, y las cajas CCAAT y TATA. Además, identificamos dos motivos novedosos en la región promotora que fueron excepcionalmente conservados pero que no han sido descritos previamente.