通过启动子甲基化基因谱分析鉴定人类黑色素瘤中新型表观遗传修饰基因

启动子CpG岛的异常甲基化导致肿瘤相关基因失活，被认为促进了肿瘤的发生和进展。因此，我们通过检测20株黑色素瘤细胞系和40份新鲜采集的黑色素瘤样本中30个目标基因的启动子高甲基化证据，研究了皮肤黑色素瘤中涉及的启动子甲基化事件。利用定量甲基化特异性PCR，我们在黑色素瘤细胞系以及新鲜采集的组织样本中鉴定出5个基因（SOCS1、SOCS2、RAR-beta 2、TNFSF10C和TNFSF10D）的高甲基化频率在50%至80%之间。18个基因（LOX、RASSF1A、WFDC1、TM、APC、TFPI2、TNFSF10A、CDKN2A、MGMT、TIMP3、ASC、TPM1、IRF8、CIITA-PIV、CDH1、SYK、HOXB13和DAPK1）的甲基化频率较低（2-30%）。此前报道在黑色素瘤中发生甲基化的2个基因（CDKN1B和PTEN）以及另外5个基因（RECK、IRF7、PAWR、TNFSF10B和Rb）在此处筛查的样本中未发生甲基化。与来源的原始样本相比，子代黑色素瘤细胞系显示出相同的甲基化模式，来自同一患者的同步转移病灶也是如此。我们鉴定了4个此前从未在黑色素瘤中被发现存在高甲基化的基因（TNFSF10C、TNFSF10D、LOX和TPM1），其总体甲基化频率分别为60%、80%、50%和10%，并推测这些基因可能在黑色素瘤进展中发挥重要作用。