Quand les fossiles sont-ils meilleurs que les taxa actuels dans l'analyse phylogénétique ?

Des phylogénies générées par ordinateur ont été utilisées pour examiner la relation entre la position temporelle et la complétude de taxa supplémentaires dans une analyse phylogénétique et le taux d'évolution ou, de manière équivalente, l'étendue temporelle du problème phylogénétique. Dans les simulations, quatre taxa fossiles de position temporelle et de complétude variées ont été ajoutés à une analyse comprenant quatre taxa vivants. Les taxa supplémentaires variaient en complétude (25%, 50%, 75% et 100% de complétude) et en position temporelle (0%, 33%, 66% et 100% de la distance entre l'ancêtre et le plan temporel actuel). Cinquante arbres ont été générés chacun pour des taux d'évolution ou des étendues temporelles faibles, intermédiaires faibles, intermédiaires élevées, et élevées. Étant donné que les taxa supplémentaires qui sont complets à 100% et à 100% de la distance au plan temporel actuel sont équivalents à l'ajout de taxa vivants, cette étude compare directement les effets de l'ajout de taxa vivants par rapport aux taxa fossiles dans l'analyse phylogénétique. L'importance des taxa fossiles variait en fonction de leur complétude, de leur position temporelle et du taux d'évolution sous lequel la phylogénie a été générée. En général, une grande complétude et une position temporelle proche de l'ancêtre d'un clade amélioraient la résolution phylogénétique mesurée par le pourcentage de la distribution des longueurs d'arbre contenant l'arbre réel. De plus, les conditions de complétude et de position temporelle sous lesquelles les taxa fossiles amélioraient la résolution phylogénétique par rapport aux taxa vivants devenaient moins restrictives à mesure que le taux d'évolution ou l'étendue temporelle de l'arbre augmentait. Un modèle analytique simple est proposé pour expliquer ces résultats. Fossiles ; reconstruction phylogénétique ; simulation.