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El diseño de ligandos basado en la estructura en química médica y protección de cultivos depende de la identificación y cuantificación de interacciones no covalentes débiles y la comprensión del papel del agua. Las búsquedas en bases de datos estructurales de pequeñas moléculas y proteínas son herramientas importantes para recuperar conocimientos existentes. El perfilado termodinámico, combinado con estudios estructurales por rayos X y computacionales, es clave para elucidar la energía del reemplazo del agua por ligandos. Los sitios receptores biológicos varían enormemente en forma, dinámica conformacional y polaridad, y requieren diferentes estrategias de diseño de ligandos, como se muestra en varios estudios de caso. Las interacciones entre dipolos se han convertido en un tema central del reconocimiento molecular. Interacciones ortogonales, enlace de halógenos y apilamiento amida⋅⋅⋅π proporcionan nuevas herramientas para la optimización innovadora de líderes. La combinación de modelos sintéticos y estudios de complejación biológica es necesaria para reunir información confiable sobre interacciones no covalentes débiles y el papel del agua.
Persch et al. (Mié,) estudiaron esta cuestión.
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