肝细胞癌亚型的鉴定及基于细胞粘附分子相关基因的预后分子诊断标志物筛选

通过基因组图谱（TCGA）和基因表达数据库（GEO），并从京都基因和基因组百科全书（KEGG）数据库提取与细胞粘附相关的基因。首先，使用非负矩阵因子分解（NMF）算法对TCGA-LIHC数据集进行聚类，以发现不同的LIHC亚型。然后评估不同亚型患者之间的预后和免疫微环境差异。此外，通过最小收缩和选择算子（LASSO）及Cox分析获得了预后风险模型，并绘制了标尺图。此外，对高风险和低风险组之间进行了功能富集分析。最终，通过定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR）探索了模型基因的表达。371例LIHC患者通过NMF聚类被分类为四个亚型，生存分析显示这四个亚型的无病生存期（DFS）明显不同。这四个亚型中的与癌症相关的通路和免疫微环境均出现失调。此外，鉴定出四个亚型之间58个共同差异表达基因（DEGs），主要与PPAR信号通路和氨基酸代谢相关。此外，建立了由IGSF11、CD8A、ALCAM、CLDN6、JAM2、ITGB7、SDC3、CNTNAP1和MPZ组成的预后模型。构建了一个由病理T和风险评分组成的标尺图，校准曲线表明该标尺图能够更好地预测LIHC预后。基因集富集分析（GSEA）表明高低风险组之间的差异表达基因主要参与细胞周期。最后，qRT-PCR展示了正常组织和LIHC组织中九个模型基因的表达。获得了由IGSF11、CD8A、ALCAM、CLDN6、JAM2、ITGB7、SDC3、CNTNAP1和MPZ组成的预后模型，为患者预后的分子诊断提供了重要参考。