栉齿锯鳐（Pristis pristis）线粒体基因组的地理变异：保护工作的挑战与展望

锯鳐科（Pristidae）物种受到沿海开发和不受管制的渔业活动的严重影响，被 IUCN Red List 列为极危（Critically Endangered）物种。环境 DNA（eDNA）分析已显示出监测板鳃类物种的潜力，多项研究聚焦于利用物种特异性方法检测锯鳐属（Pristis）物种。然而，在一些预期存在该物种的地理区域，使用现有探针尚未证实能够实现阳性检出。在此，我们旨在验证锯鳐科内部的系统发育关系，特别关注 P. pristis (Linnaeus, 1758)，以检验关键位点的突变是否对使用现有探针组进行 P. pristis 的物种特异性检测产生了不利影响。为了验证这一假设，我们组装了线粒体基因组，发现其符合脊椎动物线粒体基因组组织的典型模式。系统发育树显示出相似的拓扑结构，并证实了 P. pristis 存在地理线粒体变异。我们鉴定出了已发表的针对 P. pristis 的 12S 物种特异性探针组中存在的错配，这些错配阻止了来自巴西的阳性对照样本的扩增。然而，使用新设计的物种特异性探针组能够成功对阳性对照进行 ddPCR 检测。本研究强调了地理变异如何严重影响仅基于单一地理区域数据开发的物种特异性检测系统的广泛应用效果。本研究开发的新线粒体基因组和物种特异性探针组也可能有助于提高在全球范围内绘制和监测这些极危物种分布的潜力。 • 锯鳐是受威胁最严重的板鳃类群。 • eDNA 方法有助于改善锯鳐的保护。 • 已发表引物/探针中的错配可能会阻碍区域性 P. pristis 的检出。 • 新的引物和探针有效扩增了来自西大西洋的 P. pristis DNA。 • 物种特异性方法对于监测和保护锯鳐具有重要价值。