Islander : une base de données des îles intégratives dans les génomes procaryotes, les intégrases associées et leurs spécificités de site ADN

Les chromosomes procaryotes contiennent souvent des îles, telles que des phages tempérés ou des îles de pathogénicité, livrées par des intégrases spécifiques du site. L'intégration se produit généralement au sein d'un gène tRNA ou tmRNA, divisant le gène, mais les séquences à l'intérieur de l'île restaurent le gène perturbé. Le gène d'ARN régénéré et le fragment déplacé de ce gène marquent ainsi les points de terminaison de l'île. Nous avons appliqué ce principe pour rechercher des îles dans des séquences d'ADN génomique. Notre algorithme génère une liste de gènes tRNA et tmRNA, utilise chacun comme requête pour une recherche BLAST de l'ADN de départ et élimine les hits peu probables à travers une série de filtres. Une recherche d'îles dans 106 génomes bactériens entiers a produit 143 candidats, la recherche elle-même fournissant une estimation de trois faux candidats parmi ceux-ci. Une analyse phylogénétique préliminaire des intégrases associées a réduit cet ensemble à 89 cas de spécificité de site évoluée indépendamment, montrant un fort biais pour le gène tmRNA. Le site Web Islander (http://www.indiana.edu/ approximately islander) présente les îles candidates dans des fichiers au format GenBank et corrèle la phylogénie des intégrases avec la spécificité de site.