使用经过校准的参考样本和扩展信号强度范围测量绝对表达量的微阵列

基于点玻璃微阵列实验的基因表达比率已成为研究人员的重要工具，提供了细胞行为和状态分子基础的敏感和全面指标。然而，这种数据形式存在一些缺陷，包括无法将比率与绝对表达水平关联，或比较未使用相同对照的实验条件。在本研究中，我们展示了一种克服这些障碍的方法。首先，我们不再将标记的实验样本和对照样本共同杂交，而是将每个样本与每个微阵列特征相应的标记寡核苷酸杂交。样本强度与寡核苷酸参考强度之间的比率可在与其绝对丰度相关的尺度上测量样本RNA水平，而不是与cDNA参考的可变和未知丰度相关。我们证明，这种杂交方式的结果是准确的，并且在保持绝对丰度信息方面远优于传统的微阵列比率。接下来，为了确保样本和寡核苷酸参考强度的准确测量，这些强度可能相差几个数量级，我们使用线性回归算法，利用一个可公开获得的PERL脚本，将在不同扫描仪灵敏度设置下进行的多个扫描的线性范围组合到一个扩展的线性尺度上。我们讨论了我们的方法在测量任何提供基于寡核苷酸的点玻璃微阵列的生物体中，按每细胞转录本数量的绝对尺度测量RNA表达的未来应用。