RNA折叠导致二级结构重排

Tetrahymena thermophila I型内含子核糖酶的P5abc亚域（二级结构为56个核苷酸）通过NMR被确定。其在缺乏镁离子的水相溶液中的碱基配对与晶体中的RNA显著不同，但与热力学预测一致。添加镁离子后，RNA折叠成三级结构，碱基配对发生了很大变化，符合晶体结构：损失了三个Watson-Crick碱基对、三个G.U碱基对以及一个额外稳定的四环。普遍认为RNA首先形成二级结构，然后从未配对的碱基形成三级相互作用的假设并不总是正确的。