Modélisation par homologie moderne des récepteurs couplés aux protéines G : quelle matrice structurale utiliser ?

La disponibilité récente dans la littérature de nouvelles structures cristallines de récepteurs couplés aux protéines G (GPCRs) inactifs nous a incités à étudier dans quelle mesure ces structures cristallines constituent un avantage par rapport à l'ancienne matrice prototypique de la rhodopsine pour la modélisation par homologie de la région transmembranaire (TM) des GPCRs humains de classe A. Nos résultats suggèrent que de meilleures matrices que celles actuellement disponibles sont nécessaires pour la majorité de ces GPCRs afin de générer des modèles par homologie suffisamment précis pour un criblage virtuel simple destiné à la découverte de médicaments assistée par ordinateur. Ainsi, nous avons étudié : (1) quels GPCRs de classe A auraient le plus fort impact en tant que matrices potentielles pour la modélisation par homologie d'autres GPCRs, si leurs structures étaient résolues, et (2) dans quelle mesure la modélisation par homologie à matrices multiples (utilisant toutes les structures cristallines de GPCRs actuellement disponibles) apporte une amélioration par rapport à la modélisation par homologie à matrice unique, telle qu'évaluée par la précision de l'amarrage protéine rigide-ligand flexible sur ces modèles.