Strukturelle Grundlage für die Erkennung durch ein in vitro entwickeltes Affibody

Das breite Bindungsrepertoire von Antikörpern hat deren Einsatz in einer Vielzahl von Anwendungen ermöglicht. Einige Anwendungen von Antikörpern sind jedoch aufgrund von Einschränkungen bei der Effizienz der Antikörpergenerierung ausgeschlossen. In vitro entwickelte Bindungsproteine, die auskombinatorischen Bibliotheken ausgewählt wurden, die um verschiedene alternative strukturelle Gerüste erzeugt wurden, sind vielversprechende Alternativen zu Antikörpern. Wir haben die Kristallstruktur eines Komplexes eines vollständig alpha-helikalen, in vitro ausgewählten Bindungsproteins (Affibody) gelöst, das an Protein Z bindet, eine IgG Fc-bindende Domäne, die aus staphylokokkalen Protein A abgeleitet ist. Die Struktur des Komplexes offenbart eine erweiterte und komplementäre Bindungsfläche mit ähnlichen Eigenschaften wie Protei­n-Antikörper-Interaktionen. Der Oberflächen­bereich von Protein Z, der vom Affibody erkannt wird, ist auffällig ähnlich dem, der für die IgG(1) Fc-Bindung verwendet wird, was darauf hindeutet, dass diese Fläche potenzielle Hotspots für die Bindung enthält. Die Implikationen des ausgewählten Affibody-Bindungsmodus für seine Anwendung als universelles Bindungsprotein werden diskutiert.