Kritische Bewertung von quantitativen PCR-Ergebnissen in der Forschung zu kolorischem Krebs: Können wir uns auf veröffentlichte qPCR-Ergebnisse verlassen?

Der Einsatz von Echtzeit-quantitativer Polymerase-Kettenreaktion (qPCR) in der Krebsforschung ist allgegenwärtig geworden. Die relative Einfachheit von qPCR-Experimenten, die schnelle und kostengünstige Ergebnisse liefern, führt dazu, dass jedes Jahr eine zunehmende Anzahl von Arbeiten veröffentlicht wird, die diese Technik nutzen. Aber wie zuverlässig sind die veröffentlichten Ergebnisse? Da die Validität von Genexpressionsdaten stark von einer angemessenen Normalisierung abhängt, um die Variation zwischen den Proben und zwischen den Durchläufen auszugleichen, haben wir die Angemessenheit der Normalisierungsverfahren in qPCR-basierten Experimenten bewertet. Folglich haben wir alle Veröffentlichungen zu kolorektalem Krebs, die von 2006 bis August 2013 qPCR verwendet haben, hinsichtlich der Anzahl der verwendeten Referenzgene und deren Validierung untersucht. Selbst unter diesen minimalen Bewertungskriterien kann die Validität von nur drei Prozent (6/179) der Veröffentlichungen angemessen bewertet werden. Wir beschreiben häufige Fehler und kommen zu dem Schluss, dass der aktuelle Stand der Berichterstattung über qPCR in der Forschung zum kolorektalen Krebs beunruhigend ist. Hochgerechnet auf die Krebsforschung im Allgemeinen ist klar, dass die Mehrheit der Studien, die qPCR verwenden, nicht zuverlässig bewertet werden kann und dass die Ergebnisse dieser Studien im besten Fall möglicherweise gültig sind und im schlimmsten Fall weit verbreitete falsche Normalisierungen zur massenhaften Veröffentlichung falscher Schlussfolgerungen führen. Diese Umfrage zeigt, dass die Existenz von Richtlinien wie MIQE notwendig, aber nicht ausreichend ist, um dieses Problem zu lösen, und schlägt vor, dass die wissenschaftliche Gemeinschaft ihre Verantwortung prüfen und sich der Auswirkungen dieser Erkenntnisse auf die aktuelle und zukünftige Forschung bewusst sein sollte.