Computerbasierte Methoden für die Maus Vollseiten cDNA-Enzyklopädie: Echtzeit-Sequenzklustering zur Erstellung einer nichtredundanten cDNA-Bibliothek

Wir haben computerbasierte Methoden zur Erstellung einer nichtredundanten cDNA-Bibliothek für Mäuse entwickelt. Unser Prozess zur Konstruktion der cDNA-Bibliothek umfasst die Bewertung der Bibliotheksqualität, das Sequenzieren der 3'-Enden der Inserts und das Klustern sowie das anschließende Neuanordnen, um eine nichtredundante Bibliothek aus einer redundanten zu generieren. Nachdem die cDNA-Bibliotheken erstellt wurden, sequenzieren wir die 5'-Enden der Inserts, um die Qualität der Bibliothek zu überprüfen; anschließend bestimmen wir die Sequenzierungspriorität jeder Bibliothek. Ausgewählte Bibliotheken durchlaufen eine großangelegte Sequenzierung der 3'-Enden der Inserts und das Klustern der Tag-Sequenzen. Nach dem Klustern wird die nichtredundante Bibliothek aus den ursprünglichen Bibliotheken, die redundante Klone enthalten, konstruiert. Alle Bibliotheken, Platten, Klone, Sequenzen und Cluster sind eindeutig identifiziert, und alle Informationen werden in der Datenbank gemäß dieser Kennung gespeichert. Zum Zeitpunkt des Drucks ist unser System seit zwei Jahren in Betrieb; wir haben 939.725 3'-Endsequenzen in 127.385 Gruppen aus 227 cDNA-Bibliotheken/Subbibliotheken gruppiert (siehe http://genome.gse.riken.go.jp/).