Traditionelle Transkriptom-Sequenzierung auf Bulk-Ebene kann den zelltyp-spezifischen Genexpressionsmuster nicht mit dem Überleben der Patienten verknüpfen. In dieser Studie integrieren wir Einzelkern-RNA-seq und longitudinale Daten von 152 Patienten mit duktalem Adenokarzinom der Bauchspeicheldrüse (PDAC), wobei wir 1,2 Millionen Zellen profilieren, um eine prognostische Karte zu erstellen, die die zelltyp-spezifische Genexpression mit dem Gesamtüberleben verbindet. Mit einer einzelzell-spezifischen räumlichen Transkriptomik-Plattform analysieren wir ferner 3,1 Millionen Zellen und korrelieren ihre räumliche Verteilung mit der therapeutischen Reaktion. Um die translationalen Forschungscommunity zu stärken, entwickeln wir ctPANDA, eine interaktive Plattform, die prognostische Einblicke auf zelltyp-ebene bietet. Dieses Atlas identifiziert PLOD2 als vielversprechendes Ziel, wobei eine erhöhte Expression schlechtere Ergebnisse über acht Zelltypen vorhersagt. Wir haben eine Proof-of-Concept-Verbindung entwickelt, die PLOD2 effektiv abbauen und das Fortschreiten von PDAC in vivo hemmen kann. Insgesamt fördert diese Studie die prognostische Analyse von Bulk-Ebene auf zelltyp-spezifische Auflösung und etabliert einen Rahmen, der die Genexpression mit klinischen Ergebnissen verknüpft und umsetzbare Einblicke für die Zielentdeckung und präzisionsonkologische Therapie bietet.
Tang et al. (Mon,) haben diese Frage untersucht.