Identifikation disperser epigenomischer Domänen aus ChIP-Seq-Daten

MOTIVATION: Post-translationalen Modifikationen an Histonen haben mehrere gut bekannte Assoziationen mit der Regulation der Genexpression. Während einige Modifikationen eng konzentriert erscheinen, die Promotoren oder Enhancer abdecken, sind andere als epigenomische Domänen verteilt. Diese Domänen markieren zusammenhängende Regionen, die eine epigenomische Eigenschaft teilen, wie aktiv transkribierte oder bereite Gene oder heterochromatisch stummgeschaltete Regionen. Während hochdurchsatzmethoden wie ChIP-Seq zu einer Flut von hochwertigen Daten über diese epigenomischen Domänen geführt haben, bleiben wichtige Analyseprobleme, die von aktuellen Analysewerkzeugen nicht ausreichend gelöst werden. ERGEBNISSE: Wir präsentieren die RSEG-Methode zur Identifizierung epigenomischer Domänen aus ChIP-Seq-Daten für Histonmodifikationen. Im Gegensatz zu anderen Methoden, die die Standorte von ‚Spitzen‘ in Lese-Dichte-Profilen betonen, identifiziert unsere Methode die Grenzen der Domänen. RSEG ist auch in der Lage, eine Kontrollprobe zu integrieren und genomische Regionen mit unterschiedlichen Histonmodifikationen zwischen zwei Proben zu finden. VERFÜGBARKEIT: RSEG, einschließlich Quellcode und Dokumentation, ist kostenlos verfügbar unter http://smithlab.cmb.usc.edu/histone/rseg/.