SAIGE-GENE+提高了基于集合的稀有变异关联测试的效率和准确性

包括英国生物库（UKBB）在内的多个生物银行正在生成大规模测序数据。一种现有的方法SAIGE-GENE，在测试频率 ≤ 1% 的变异时表现良好，但在限制到频率 ≤ 0.1% 或 0.01% 的变异时，方差分量基于集合的测试观察到了膨胀。在这里，我们提出SAIGE-GENE+，大大改善了第一类错误控制和计算效率，以促进大规模数据中的稀有变异测试。我们进一步证明，结合多个MAF截断和功能注释可以提高效能，从而揭示新的基因-表型关联。在对UKBB全外显子测序数据的30个定量和141个二元性状的分析中，SAIGE-GENE+识别出551个基因-表型关联。