第三代测序在临床细菌研究中的应用与挑战

在过去的25年里，基因组测序与生物信息学分析的强大结合在解读细菌基因组中编码的信息方面发挥了关键作用。高通量测序技术为理解越来越广泛的生物学问题铺平了道路。这场革命促进了从基因组组成到蛋白质如何与核酸相互作用等多个领域的进展。通过将基因组数据整合到临床中诊断与疾病相关的遗传特质，这创造了前所未有的机会。自那时以来，这些技术不断发展，最近，长读长测序克服了以前在准确性方面的限制，从而扩展了其在基因组学、转录组学和宏基因组学中的应用。在本综述中，我们简要描述了细菌基因组测序革命的历史及其在公共卫生和分子流行病学中的应用。我们呈现了包括全基因组碎片测序、高通量测序和长读测序在内的各种技术发展时间表。我们主要讨论下一代测序在解读细菌基因组中的应用。其次，我们强调长读测序技术如何超越传统短读测序的限制。我们旨在提供关于第三代测序应用的指导原则及微生物医学研究领域的持续改进的描述。